Kontroversi internasional terfokus pada penyebab munculnya semburan lumpur vulkanik. Perusahaan eksplorasi, Lapindo Brantas, dengan kukuh percaya bahwa gempa bumi yang terjadi dua hari sebelumnya, yang menewaskan 6,000 orang dan membuat 1,500,000 orang kehilangan tempat tinggal, adalah pemicunya. Kejadian di lokasi pengeboran nampaknya berhubungan dengan waktu kedua gempa utama maupuan dua gempa lebih kecil yang mengikutinya. Bukti-bukti ilmiah secara jelas menunjukkan bahwa semburan lumpur vulkanik mudah terjadi di area tersebut. Penelitian yang dilakukan oleh ahli geologi dari Oslo University menunjukkan adanya lumpur vulkanik di area tersebut, yang bereaksi setelah gempa bumi, meskipun gempa tersebut berukuran kecil. Dua gunung berapi terbesar di Pulau Jawa, Gunung Merapi dan Semeru, juga menjadi aktif kembali pada waktu itu. Data yang dilaporkan American Geological Union (AGU) menunjukkan temperatur di dalam kawah kedua gunung tersebut meningkat secara dramatis begitu gempa bumi terjadi. Letusan-letusan tersebut juga dapat dilihat dengan jelas dalam foto satelit yang dikeluarkan oleh lembaga antariksa Amerika, NASA.
Kendati semua bukti menunjuk pada pemicu tektonik, seminggu setelah semburan, dalam surat yang bocor ke tangan media, Medco Energi, pemegang saham pada Lapindo Brantas, menyatakan kontraktor pengeboran telah melakukan 'kecerobohan' dengan gagal memasang dinding pelindung cukup dalam. Akibatnya, menurut surat tersebut, saat problem terjadi pada 27 Mei itu, dinding sumur tidak dapat menahan tekanan. Dengan klaim 'kecerobohan', Medco berusaha membebaskan diri mereka dari semua kemungkinan tuntutan finansial berkaitan dengan bencana ini. Para pengamat sudah menjadi sedikit sinis terhadap klaim Medco mengingat klaim tersebut dikeluarkan seminggu setelah semburan terjadi dan menurut bukti-bukti yang ada, Medco telah menandatangani rencana pengeboran, termasuk dinding sumur yang digunakan. Segera setelah kebocoran surat Medco tersebut, media-media internasional melaporkan bahwa ahli geologi dari Durham University, Richard Davies, mendukung teori yang dibuat oleh Lapindo Brantas bahwa bencana tersebut merupakan buatan manusia.
Isu ini kemudian menjadi semakin rumit saat media lokal melaporkan struktur kepemilikan Lapindo Brantas, mengaitkan kepemilikan terbesar secara tidak langsung ke keluarga salah satu menteri dalam kabinet yang sekarang. Fakta bahwa kelompok bisnis keluarga itu diperkirakan memiliki harta kekayaan lebih dari 28 juta US$ menciptakan atmosfir anti-Lapindo di kalangan masyarakat Indonesia, khususnya penduduk kurang mampu. Situasi tersebut dengan cepat ditangkap oleh media-media lokal berorientasi populis.
Media-media di Indonesia mempromosikan berita utama bahwa Lapindo Brantas adalah penyebab bencana dan dilindungi oleh pemerintah, menduga bahwa upaya tersebut dilakukan untuk menyembunyikan penyebab semburan lumpur dengan demikian melindungi pemilik perusahaan eksplorasi yang memiliki koneksi politik tersebut. Protes publik yang semula dilakukan cukup hati-hati mulai menuntut jawaban, demikian juga sejumlah musuh politik presiden yang sekarang, yang pada satu titik pernah menuntut agar presiden dipanggil untuk dimintai pertanggungjawaban.
Kontroversi terus berlanjut ketika Bapepam LK melarang pemilik mayoritas Lapindo Brantas untuk menjual perusahaan tersebut dengan entitas senilai $2. Upaya tersebut direncanakan untuk mengeluarkan perusahaan dari perusahaan payungnya yang terdaftar secara publik dan dengan demikian menenangkan para pemegang saham dari kemungkinan liabilitas. Upaya pelepasan saham tersebut diinterpretasikan sebagai usaha untuk lari dari tanggungjawab.
Pada 15 Agustus 2006, LSM lingkungan Indonesia, WALHI, melayangkan gugatan publik dengan Lapindo Brantas, presiden Indonesia – Susilo Bambang Yudhoyono, Menteri Pertambangan dan Energi dan pejabat-pejabat lokal sebagai tersangka. Polisi bertindak dengan menetapkan Sumur Banjar Panji-1 sebagai bukti. Pengadilan Indonesia, termasuk Mahkamah Agung, kemudian menyatakan semua tersangka tidak bersalah.
Setelah membaca laporan media dari Davies dan bukti-bukti dari ahli geologi Indonesia, Dr. Rudi Rubiandini, polisi, di bawah tekanan politik, menyimpulkan bahwa semburan lumpur vulkanik tersebut merupakan buatan manusia, hasil dari kesalahan dalam operasi pengeboran yang dilakuan oleh Lapindo Brantas.
Pihak kepolisian Indonesia kemudian meneruskan tuntutan tersebut ke kantor kejaksaan, yang kemudian menolak kasus tersebut karena kurangnya bukti.
Richard Davies mengeluarkan laporan yang dipublikasikan di Geological Society of America (SGA Today) pada awal Januari 2007. Laporan tersebut menyatakan bahwa semburan hampir bisa dipastikan disebabkan oleh faktor manusia dan disebabkan oleh pengeboran yang berlangsung di dekat lubang eksploratoris. Laporan tersebut mengabaikan teori gempa bumi dengan mengetengahkan fakta bahwa tidak ada lagi lumpur vulkanik baru di area tersebut yang mengikuti gempa bumi. Davies juga mengklaim bahwa gempa bumi yang terjadi 'terlalu kecil dan terlalu jauh' untuk memicu semburan lumpur. Kendati bukti dari American Geological Union (AGU) menunjukkan bahwa gempa bumi secara langsung mengaktifkan kembali gunung berapi (Gunung Semeru) yang lokasinya lebih jauh dari pusat gempa daripada posisi semburan lumpur.
Klaim bahwa gempa bumi yang terjadi beberapa hari sebelumnya 'terlalu kecil dan terlalu jauh' untuk mengaktifkan patahan telah dipatahkan oleh laporan terbaru (May 2008) yang dipublikasikan di American Geophysical Union journal, 3G. Laporan ini, ditulis oleh tim ahli tektonik dari Jerman dan Indonesia, dipimpin oleh ilmuwan tektonik terkemuka dunia Dr. Thomas Walter dari Potsdam University, menyimpulkan bahwa gempa bumi yang terjadi pada tanggal 27 Mei 2006 di Yogyakarta bukanlah gempa yang biasa berkuatan 6,3 skala Richter.
'Kerusakan yang diakibatkan oleh gempa bumi tersebut belum pernah terjadi di wilayah ini sebelumnya. Ratusan ribu rumah penduduk hancur atau rusak, termasuk kerusakan Candi Prambanan, peninggalan sejarah Hindu di Indonesia (abad ke-9), dan makam Sultan (abad ke-17) di Imogiri. Kerugian diperkirakan mencapai lebih dari 3 juta dolar U.S. [CGI, 2006]. Tidak ada catatan tentang kejadian yang mirip seperti gempa yang demikian merusak ini,' demikian dilaporkan oleh tim tersebut. Tim ini juga melaporkan bahwa, meskipun tercatat 'hanya' berkekuatan 6,3-6,4 skala Richter, efek gempa menjadi lebih buruk dengan meletusnya Gunung Merapi dan keganjilan 'sistem pipa' di area tersebut.
Sementara Davies mengklaim bahwa pengeboran di Banjar Panji-1 adalah pemicu LUSI, sejumlah laporan independen yang serius tentang pengeboran ini menolak gagasan tersebut. Dalam laporan mereka
Review of Banjar Panji-1 Incident, Planning and Execution of Drilling Program, Profesor Maurice Dusseault, Doktor di bidang teknik perminyakan dari Waterloo University di Canada dan Dr. Baldeo Singh, Doktor di bidang teknik mesin dari Massachusetts Institute of Technology, menyimpulkan bahwa:
'Secara keseluruhan, kami menemukan bahwa perencanaan maupun operasi pengeboran tersebut dilakukan dalam prosedur yang bisa diterima di industri ini dan dilaksanakan dengan standard tinggi untuk menjaga keselamatan personel.'
Penyelidikan independen lain yang dilakukan oleh spesialis pengeboran dari Kanada, Ralph Adams, sampai pada kesimpulan yang sama. Adams telah melakukan pengeboran sumur minyak dan gas di Indonesia selama lebih dari 29 tahun, sebagian besar di Blok Brantas. Kedua laporan tersebut menunjuk pada gangguan seismik yang mengikuti gempa di Yogyakarta adalah bukti bahwa pergeseran tektonik-lah yang mengaktifkan kembali patahan.
Dr. Adriano Mazzini, ahli lumpur vulkanik dari Oslo University di Norwegia, telah melakukan riset lapangan yang ekstensif di LUSI dan menulis laporan Triggering and dynamic evolution of the LUSI mud volcano, Indonesia, mengaitkan semburan lumpur tersebut dengan gempa bumi di Yogyakarta. Dr. Mazzini, ahli lumpur vulkanik terkenal di dunia, tanpa ragu-ragu mengaitkan semburan LUSI dengan gempa bumi di Yogyakarta.
Sementara kontroversi semakin menjadi-jadi, khususnya dengan semakin dekatnya pemilihan presiden (2009) di Indonesia, para ahli yang paling terpercaya telah menyimpulkan bahwa semburan lumpur tersebut murni merupakan fenomena alam, bukan hanya sekedar dipicu oleh gempa bumi yang terjadi pada 27 Mei 2006 di dekat Yogyakarta. Tetapi, sejumlah pengamat, dipimpin oleh Richard Davies, melalui media kampanye dengan dukungan dana yang kuat, tetap menyalahkan aktivitas pengeboran Lapindo Brantas. Satu-satunya hal yang pasti soal LUSI adalah ia tidak dapat dihentikan oleh intervensi manusia, fakta yang disepakati oleh semua pihak. Sampai saat ini, sudah berbagai macam skema dicoba dan jutaan dolar terbuang percuma dalam usaha untuk menghentikan semburan LUSI.
Poin lain yang menjadi kesepakatan sebagian besar pengamat ilmiah adalah LUSI menimbulkan bahaya bagi semua penduduk yang bertahan di area tersebut. Penurunan tanah yang berlangsung secara konstan dan pembentukan kawah vulkanik menghadirkan kemungkinan yang nyata bahwa seluruh sistem akhirnya benar-benar akan runtuh beberapa ratus meter ke dalam tanah. Bencana seperti itu bisa menebarkan kematian di wilayah yang luas dan menghancurkan kawasan yang sudah mengalami kerusakan terus-menerus tersebut.